ヨガの起源ははっきりとしていませんが、紀元前2500年〜紀元前1800年のインダス文明にその起源を持つといわれています。インダス文明のもっとも有名な遺跡モヘンジョ・ダロからは座法を組んでいたり、さまざまなポーズをとっている像が発見されています。
ヨガという語がはじめて見られたのは紀元前800年〜紀元前500年に成立した「タイッティリーヤ・ウパニシャッド」という書物です。紀元前350〜紀元前300年に成立した「カタ・ウパニシャッド」という書物にはヨガ最古の説明が記載されています。
2世紀〜4世紀ごろには解脱（世界の苦悩から脱すること）への実践方法として体系づけられ、瞑想を中心とした「静的なヨーガ」が生まれました。現在わたし達が健康法のひとつとして知るヨーガはこの静的なヨーガではなく、12世紀〜13世紀ごろに成立した「ハタ・ヨーガ」と呼ばれる、運動を中心とした「動的なヨーガ」が基盤となっています。
日本では9世紀ごろに伝来。密教に現在でも取り入れられており、たとえば禅宗の座禅は静的なヨーガの行法のひとつです。
健康法としてのヨーガは昭和期に伝来しますが、ヨーガを取り入れたオウム真理教の一連の事件により一時的に衰退してしまいました。
ヨーガが復興したのはつい最近のことで、2004年ごろからテレビや雑誌などでダイエット法や健康法として紹介されるようになり、フィットネスクラブではヨーガはプログラムのひとつに組み込まれています。